崇祯没上台前，就非常关注王永光，上台后更是迅速提拔他。
崇祯元年三月，王永光以太子太傅起用，改任户部尚书。后在户科给事中瞿式耜的建议下，崇祯帝在五月九日调任他为吏部尚书。
对于他的复起，东林十分不爽，当年秋天就开始弹劾他和阉党同流合污。
南京户科给事中陈尧言、御史李长春弹劾王永光曾有依附魏忠贤的劣迹，不宜任六部尚书，被崇祯帝拒绝。王永光受到弹劾，请求辞职，崇祯帝坚决不允。
既然和东林彻底闹翻后，既然撕破了脸皮，他也不装了。
其后在钱谦益会推一案中，他暗中支持温体仁，反对钱谦益入阁。此外，他在主持崇祯二年京察与拟钦定逆案的过程中，也包庇过一些和东林矛盾很深的阉党党羽。
这导致了大批阉党没有被清算。阉党的势力仍然在朝堂中占有一席之地。
因此，他被东林党视为“四凶”之一。几乎成了眼中钉肉中刺。
但是，王永光管着吏部，死死的卡着东林官员的升迁。这让东林气的抓狂。
这也是崇祯用来制衡东林的手段之一。目前管钱的户部尚书是晋党的毕自严。管人事的吏部尚书是和东林党有过节的王永光。
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