盟军指挥部位于要塞的中央核心，是一个巨大的六边形区域，四周和要塞其他各区完全隔离。
在这里工作的，都是经过特别选拔和严格审核的各国精英。
每一个人的身份都被列为特级保密。
别说其至亲家人不知道他们的工作单位和部队番号，就连原本所属各国军部，不是专门负责的部门，也不能打听关于他们的任何事情。
除了大本营本部的工作人员以外，其他人想要进入这里，除了需要使用大本营特别颁发的S级以上权限的通行证外，还需经过一共二十六道防卫严密的岗哨和五个由互不统属互不交流的部队进行防卫的隔离警戒区。
指挥部大本营内，设有独立的生活区，也有独立的港口和列车专线，负责物资供应和人员进出。
在紧急情况下，大本营所在的这部分要塞舰体能够同与要塞主体分离，成为一艘拥有完整的航行能力，拥有大量太空战机和强大防护能力的太空母舰。
此刻，相较于要塞其他地区，大本营里的气氛显得更加的凝重。
一盏盏隐于墙内的白色的电子灯，将走廊和大厅照得透亮。
走廊一侧的落地舷窗和天花板穹顶上，是人工模拟的自然风光。
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